1ª EL TEMPLO PRIMITIVO (1.243 - 1.497).Esta Iglesia fué en principio una pequeña capilla, que ya existia en 1.243, dedicada a Santa María. De pequeñas dimensiones y de planta rectangular. Realizada por maestros locales en mampostearía y madera.

2ª PRIMERA REFORMA (1.498 - 1.535). En el año 1.498, con objeto de acojer al número de filigreses cada vez mayor, se comienza una nueva Iglesia, de planta rectangular y con cubierta de madera a dos aguas. En 1.507 se abre una pequeña puerta en el lado Sur, protegida por un pequeño portal. En 1.515 se comenzó su Torre Campanario, así como una sacristía. Se termina todo en 1.535.

3ª SEGUNDA REFORMA: EL PRESBITERIO (1.536 - 1.614). Coincidiendo con una gran pujanza y aumento poblacional de esta villa, se decide ampliar el Presbiterio, encargándose, las obras al Maestro JUAN DE ARAMA, que había trabajado en Almedina, Terrinches, Villamanrique y Villahermosa, pero muere antes de finalizar las obras.
La pila bautismal fue colocada el 23 de Julio de 1.592 .

4ª REFORMA DEL CUERPO PRINCIPAL. PROBLEMAS ESTRUCTURALES (1.615-1.697). En el año 1.605 aparecen graves deficiencias en las bóvedas de la Capillo Mayor, cayendo diversos trozos de piedra hasta el suelo. El maestro DOMINGO DE AGUIRRE intenta dar solución al problema.
Entre 1.615 y 1.672 se recaudan fondos para reformar la bóveda en profundidad. En 1.672 se contrato al maestro MATíAS DEL CASTILLO, cuyo trabajo consiste en reforzar la Capilla Mayor, reporando las bóvedas de crucería y añadiendo varios contrafuertes en el exterior.
En el interior sustituye el antiguo cuerpo principal, cubierto de madera, por uno de planta rectangular, sobre arcos de medio punto, fajones, descansando sobre pilastras dóricas, gigantes, adornados con un entablamento que recorría todo su alzado. La cubierta de madera dio paso o una bóveda de medio cañón con lunetas y vanos temales. Fueron construidos por Juan de Areválo y Juan Núñez. (Es el estado actual).
Se conserva la antigua portada del lado Norte, y se construye una nueva portada en el lado Sur, por el Maestro de Toledo JUAN DE MENDOZA.

5ª LA MEDIA NARANJA (1.698-1.742). A pesar de los esfuerzos por reparar la bóveda de la Capilla Mayor, a fines del s. XVII se encuentra en un estado casi ruinoso, varios piedras han caído sobre el Retablo y al suelo. El Maestro JUAN RUIZ DE RIS, sustituye los bóvedas del Presbiterio por una Cúpula o Media Naranja, sobre cuatro arcos torales. En las pechinas se pintan los cuatro evangelistas. Se termina esta obra en 1.717. Construye también una nueva Sacristía, que finaliza en 1.719.
En 1.733 se terminan la Torre, rematado por su Capitel, aguja, cruz y veleta. Para facilitar su acceso, se elevó su vieja escalera de caracol, y se cubre con una pequeño cupulilla. Lo realizan los maestros JUAN ALEJANDRO NÚÑEZ y PEDRO DE CASTRO. Los Canceles fueron construidos por los maestros carpinteros DIEGO MANZANO, MANUEL BERMÚDEZ y ESTEBAN DE LA MATA. La obra de hierro y cerrajería se contrató con JOSEPH DE ALCAZAR. La Cajonería de la Sacristía y los retablos laterales de S. JERÓNIMO PENITENTE y S. JUAN BAUTISTA, construidos entre 1,759 y 1.762, fueron realizados por CRISTÓBAL GARCÍA HIDALGO, maestro tallista, vecino de Torre deJuan Abad.
Posee también interesantes pinturas murales en la bóveda del Altar Mayor y en sus columnas laterales, así como en las pechinas de la media naranja.
Conserva las campanas originales, una de ellas, la más pequeña, colocada el 18 de Octubre de 1.595: sus nombre son Ntra. Sra. De los Olmos (orientada al Sur), María de la Vega (al Oeste), Ave María Gratia Pleno (al Norte) y Sara (al Este). En 1.995 se colocan vidrieras en los ventanales, similares a las que tuvo en su origen, representando a S. Juan Bautista, S. José, la Coronación de María Santísima, y Ntra. Sra. De la Vega. Se realizan emplomados y con vidrio cocido.
En su camino desde el convento de Malagón hacia lo fundación de Beas, TERESA DE JESúS, acompañada de las monjas Isabel de San Francisco, Ana deJesús, Isabel de San Jerónimo, y cinco monjas más, procedentes del convento de Madrid, así como las aspirante Lucía Martínez y los sacerdotes Julián de Avila y Gregorio Martínez. Se detuvieron en este pueblo para pasar la noche. Era 16 de Febrero de 1.575, miércoles de ceniza aquel año, por lo que celebraron la Eucaristía y recibieron la ceniza en esta Parroquia.
Don FRANCISCO DE QUEVEDO, gozaba de lugar preeminente para oír Misa, durante sus temporadas de estancia en la Torre.