Esta Iglesia posee un magnífico retablo, realizado en madera tallado y policromoda. Fue construido entre 1.581, año en que se encarga su construcción a FRANCISCO CANO, maestro tallista, y 1.607, fecha en que está totalmente acabado; pero sin colocar, por lo que se les da un plazo de 15 días, so pena de excomunión, para que se coloquen las Imágenes en sus templetes. Todo ello puede verse en este acta de concejo que ahora reproducimos:

"En la villa de la Torre de Juan Abad, en once días de Abril de myll e quinientos y ochenta y un años, estando el rreberendo licenciado Aguado, cura desta villa y Juan de Abarca, y Alonso Gómez, allcaldes hordinarios desta villa y Juan Martín, y Martín Muñoz y Pedro Díaz, y Martín García, rregidores perpetuos desta villa, y estando así juntos trataron y confirieron y concertaron lo siguyente:
...platicaron sobre que quieren que se Jaga un rretablo para la yglesia maior desta villa, y porque está en esta villa Francisco Cano, veçino que dixo ser de Villanueva de los Infantes y trataron con él de la traça y orden que sobre ello a de aver, mostró una conque á de tener un sagrario en el orden primero... en otro segundo traço en otro traço, Christo crucificado con una capitilla donde estará la figura de Dios padre con sus ornatos como mostró en la dicha traça que vá firmada del dicho cura y allealdes y algunos rregidores, y por traças de las figuras que han de quedar en el dicho ornato en los blancos y vazios del dicho presente rretablo, y porque el prescio que a de costar la entalladura del dicho retablo, se trató con el entallador que se ande poner por esta villa una persona que sea consciente en el dicho arte, y otro por el dicho Francisco Cano, maestro del dicho rretablo, y por ellos se a de tassar y moderar el presçio que a de constar en conciencia, debajo de juramento que para facer la dicha tasación primeramente an defacer, y desta manera, para que el dicho maestro comience a entender y gastar en la dicha obra se le an de dar mill y quinientos rreales, lluego y fasta un año otros cien ducados, y así se a de yr procediendo en la dicha obra, y si mandas de becinos para la dicha obra oviere por testamentos, por palabra o escrito demás de los cien ducados que se le án de dar cada año, las a de cobrar a quenta de lo que montare la dicha obra, y desta manera hasta que se aya acabado ladicha obra se le a de yr dando el dicho dinero de los dichos cien ducados y mandas que oviere; y el dicho maestro a de ser obligado a que dentro de un año á de darfecho el sagrario y ornatos del, y dallo asentado en la yglesia desta villa...

En el Archivo Parroquial se encuentra una copia del testamento de D. Miguel Sónchez González, fechado el 10 de Mayo de 1.591, que dice así: "Item mando que se le dé a la Iglesia de esta Villa diez mil maravedíes, y que con ellos se hago un santo que sea S. Miguel, para que esté en el Retablo que hace la Iglesia y para dorado, y si sobra alguna cosa que se gaste en acabar el retablo que hace la Iglesia..." (Cuaderno 90, folio 69 A.P.)

También aparece el nombre de Francisco Cano en un acto del libro de Confirmaciones del año 1.603, en el que el obispo Troyo, de su puño y letra, ante su firma dice: " Fue compadre de todos los suprodichos Francisco Cano, entallador...".

Su estilo es manierista (imitación de los grandes maestros del Renacimiento), en clara transición hacia el barroco. Ocupa una extensión de 80 metros cuadrados. Las pinturas de las columnas laterales representan algunas mujeres bíblicas: Rut, Ester, Judit, ... que actuaron a favor de la liberación de su pueblo, y  que anticipan la figura de la Virgen María.

Finalmente fue dorado el Tabernáculo en 1.733. Y en 1.751 ANTONIO DEL BARCO, maestro pintor y dorador, "pintó, doró y estofó el retablo mayor, hasta entonces en madera".